In den unterirdischen Gewölben des Anwesens der Cavendish-Familie trifft HELLBOY, der coolste Agent der Behörde zur Untersuchung und Abwehr Paranormaler Erscheinungen, auf Rasputin, der ihn einst heraufbeschwor. Nun will Rasputin HELLBOY benutzen, um Ogdru-Jahad, das mystisches Wesen, das vor ewigen Zeiten von der Erde verbannt wurde, zurückzubringen und so das Schicksal der Welt ein für alle Mal zu besiegeln.

Die Ermittlungen zu diesem Fall führen HELLBOY, den coolsten Agenten der Behörde zur Untersuchung und Abwehr Paranormaler Erscheinungen nach Rumänien, in das Schloss eines alten Vampirs. Dort überschlagen sich die Ereignisse. HELLBOY sieht sich mit Untoten, Hexen und alten Bekannten konfrontiert und dann ist da auch noch die Sache mit seiner Bestimmung.

In Rumänien hat HELLBOY, der coolste Agent der "Behörde zur Untersuchung und Abwehr Paranormaler Erscheinungen", den Vampir Giurescu aufgespürt. Doch nicht nur aus Giurescus Schloss droht HELLBOY Unheil...Die Behörde wird offensichtlich sabotiert, seine Kameraden in tödliche Fallen gelockt und HELLBOY sieht sich erneut einem bekannten Gegner gegenüber, der ihn an seine Bestimmung erinnert. Ist HELLBOY wirklich auf der Welt, um das Ende der Menschheit herbei zu führen?

Nachdem Shanes Eifersucht Rick gegenüber immer offensichtlicher wird, kommt es zum offenen Konflikt zwischen den beiden, in dessen Verlauf Shane von Ricks Sohn Carl getötet wird. Rick übernimmt nun die Rolle des Anführers, nimmt neue Mitglieder in die Gruppe auf und führt sie in ein verlassenes Wohngebiet.

Gustav Gans, der unausstehliche Glückspilz, hat Onkel Dagobert, Donald und die Kinder in sein Penthouse in der asiatischen Metropole Maklao eingeladen. Es war ein Hilferuf, denn seine protzige Residenz ist in Wahrheit ein Gefängnis, und die Ducks sind nun ebenfalls Gefangene. Der dämonische Spielhöllen-König Glü X. Fang verwickelt sie in einen grausigen Wettkampf: Es geht um die Freiheit - und um Leben und Tod.

Gotham City liegt in Schutt und Asche. Bruce Wayne hat alles versucht, um seine Stadt vor dem Untergang zu bewahren, doch auch all sein Geld reicht nicht aus. Sein Alter Ego Batman ist verschwunden, seit drei Monaten weit und breit keine Spur von ihm. Der Joker, Two-Face und der Pinguin reißen sich die einstige Metropole unter den Nagel und nichts und niemand scheint vor ihnen und ihren grausamen Plänen sicher zu sein. Keine Gesetze, keine Polizei, kein Erbarmen! Gotham City ist ein Niemandsland!

Das GCPD führt einen unerbittlichen Kampf an mehreren Fronten. Die zahlreichen Gangs scheinen die Überhand zu gewinnen und zu allem Überfluss bekommt man es auch noch mit Gangstern wie dem Pinguin und Two-Face zu tun. Besserung ist nicht in Sicht, zumal Batman noch nicht wieder der ist, den die Stadt so dringend braucht. Wird er jemals wieder der Dunkle Ritter sein oder ist nun endgültig alles verloren? Das totale Chaos bricht aus, als auch noch Black Mask nach der Herrschaft greift!

Arkham Asylum steht in Flammen! Wer hat den Brandanschlag auf die Anstalt ausgeführt? Ist dies von innen heraus geschehen oder war es einer der ehemaligen Insassen, der sich nun auf freiem Fuß befindet? Viel schrecklicher als der eigentliche Brandanschlag ist die Tatsache, dass der Joker den Tumult genutzt hat und nun auf der Flucht ist!

Fast alle Mitglieder der Justice League sind samt der Pyramide verschwunden und Batman ist nahezu auf sich allein gestellt. Der Martian Manhunter befindet sich in einer privaten Angelegenheit auf dem Mars. Kann er noch rechtzeitig zur Erde zurückkehren und Batman gegen den Stone King helfen? Welche Rolle spielt das Medium Madame Cassandra? Kann sie dem Dunklen Ritter zur Seite stehen und Licht ins Dunkel bringen?

Der Stone King gewinnt zunehmend Macht und es scheint keine Möglichkeit für Batman und die Justice League zu geben, diesen zu besiegen. Kann der Dunkle Ritter seine Freunde aus der geheimnisvollen Pyramide befreien und mit ihrer Hilfe zur allesentscheidenden Schlacht antreten? Die Archäologin Jenny Ayles und das Medium Madame Cassandra versuchen ebenfalls zu helfen, doch was können Menschen schon gegen eine Gottheit ausrichten? Der finale Kampf naht!