Der Teenagerhase Yuichi Usagi, der wie sein berühmter Vorfahre Miyamoto Usagi ein Samurai werden will, begibt sich zusammen mit der treuen Echse Spot weg vom Land in die Stadt Neo Edo. Dort befreit er versehentlich den Schurken Kagehito und andere Yokai aus einem energiegeladenen Ki-Quarzstein. Diesen gefährlichen Schurken hatte sein Vorfahre Miyamoto vor über tausend Jahren darin eingesperrt. Usagi hat Kagehito, einen spinnenartigen Yokai, aus Versehen aus dem Ki-Quarzstein befreit und ihn auch noch flüchten lassen.

Usagi konnte sich mit Hilfe seines Jo-Jos aus dem Gefängnis befreien. Und wird von Lord Kogane beauftragt, die Yokai aus dessen Kulturzentrum zu vertreiben. Sein Team unterstützt Usagi. Sie begegnen dort mehreren Yokai. Einige von denen können ihre Gestalt verändern. So tauchen Doppelgänger von Lord Kogane, Usagi und anderen auf. Gens Horn wurde im Kampf abgeschnitten, und er wird im Krankenhaus behandelt. Währenddessen geraten Usagi und Kitsune in einen Streit zwischen der Mogura-Gang und der Bat-Staffel.

Karasu-Tengu willigt ein, Usagis Sensei zu werden, wenn er die drei Urban Yokai – Verführung, Verwirrung und Verwüstung – mit Hilfe seines Jo-Jos fängt und zurück in den Ki-Quarzstein bringt. Währenddessen plant Lady Fuwa, Neo Edo zu beherrschen. Als die Neko Ninja Crew den Tempel angreift, kapiert Usagi erst, dass Chizu ein Ninja ist. Usagis Team schlägt die Ninjas in die Flucht, doch Lady Fuwa schwört Rache.

Chizu hat sich für ihre Freunde entschieden und befürchtet, dass sich Lady Fuwa an ihnen rächen wird. Usagi und Chizu suchen im Verborgenen Dojo nach dem letzten Urban Yokai „Verwirrung". Dort treffen sie auf die Ninjas und Lady Fuwa. Usagi besteht seine Prüfung, erweist sich als würdig, so dass Karasu-Tengu ihn trainiert. Usagi, der aufs Land gefahren war, wird dort von seinen Freunden gesucht, denn sie wollen mit ihm zusammen die Stadt Neo Edo vor Kagehito schützen.

Usagi ist mächtig stolz, denn er wird in der Stadt Neo Edo für seine tolle Rettungsaktion bewundert. In seinem Erfolgstaumel überschätzt er sich etwas und strengt seine Freunde damit an. Chizu, Kitsune und Gen dürfen sich eine neue Waffe aussuchen. Da sie deren Handhabung nicht kennen, bietet sich Usagi als ihr Sensei an, der sie darin ausbilden will.

Während Chizu zusammen mit Kitsune bei Lady Fuwa ins Dojo eindringt, suchen Usagi und Gen nach einem geeigneten Ort für eine Geburtstagsfeier für Kitsune, die noch nie Geburtstag gefeiert hat. Bei Lady Fuwa wird Kitsune gefangengenommen, und Chizu fordert Lady Fuwa zum Kampf heraus. Sie will die Neko Ninja Crew übernehmen und die Ninja Kids mit Liebe erziehen. Chizu hat das Dojo übernommen. Doch statt die Ninja-Kids weiter im Kampf auszubilden, würde sie ihnen gern das Leben in Neo Edo zeigen.

Karasu-Tengu taucht kraftlos in Neo Edo auf. Auch Kagehito, den Usagi befreit, warnt Usagi und sein Team. Er spricht von einer kommenden Makkine-Invasion. Die Usagi-Gang trifft Vorbereitungen.