Die dunkle Macht erhebt sich 1:

Die Autobots Cliffjumper und Arcee sind unterwegs auf Patrouille in der Gegend von Jasper, Nevada, als Cliffjumper plötzlich ein großes Energon-Depot entdeckt. Gleich darauf wird er von Decepticons unter der Führung von Starscream angegriffen und gefangen genommen. Als Gefangener von Starscream bringt der ihn kurz darauf um. Die Autobots Optimus Prime, Arcee, Ratchet, Bumblebee und Bulkhead, die ihm zu Hilfe eilen, finden nur noch das zerstörte Energon Depot vor, und sehen kurz darauf wie das Lebenssignal von Cliffjumper erlischt. Starscream setzt zwei weitere Cons auf Arcee an, um sie ebenfalls zu vernichten. Zwar gelingt es Arcee, mit der Hilfe von Bumblebee und Bulkhead, die beiden Conns in die Flucht zu schlagen, doch in diese Auseinandersetzung gerät zuerst der 16 jährige Jackson Darby, und wenig später auch der junge Rafael Esquivel. Da diese beiden nun Zeugen der Existenz der Autobots und Decepticons sind, und Gefahr laufen von den Decepticons getötet zu werden, beschließt Optimus Prime, sie zu beschützen.

Die dunkle Macht erhebt sich 2:

Starscream zeigt Megatron die riesigen Energonvorkommen, die er bereits entdeckt und abgebaut hat. Megatron hat während seiner Zeit im All das Blut von Unicron in seine Hände bekommen, dunkles Energon, nach der Legende das Antispark. Mit seiner Hilfe kann er Tote zum Leben erwecken. Er probiert es an Cliffjumper aus, und das Resultat ist furchteinflößend. So will er sich eine Armee für den Kampf gegen die Autobots aufbauen. Die Kinder Jack, Raf und Miko befinden sich noch auf dem Stützpunkt der Autobots. Hier lernen sie jetzt auch Special Agent William Fowler kennen, ohne das dieser allerdings von der Anwesenheit der Kinder erfährt. Fowler ist das Verbindungsglied der Autobots zur Regierung. Er droht mit einem Militärschlag, sollte es weitere Auseinandersetzungen zwischen Autobots und Decepticons geben, wovor ihn Optimus allerdings warnt.

Die dunkle Macht erhebt sich 3:

Während sich Jack, Miko und Raf mit Arcee, Bulkhead und Bumblebee amüsieren, entdecken Optimus und Ratchet, dass es sich bei der Substanz, die Arcee aus der Energonmine der Decepticons mitgebracht hat, um dunkles Energon handeln muss. Optimus vermutet völlig richtig, dass Megatron damit eine Armee der Untoten erschaffen will, um den Planeten zu erobern. Als alle wieder auf dem Stützpunkt sind, macht sich Optimus mit Ratchet auf den Weg, um mehr darüber herauszufinden. Auch Arcee und Bumblebee machen sich kurz darauf aus dem Staub, und Bulkhead bleibt mit den Kindern allein zurück. Als wenig später Agent Fowler auftaucht, entdeckt er die Kinder, und will sie in Gewahrsam nehmen. Doch das weiß Bulkhead zu verhindern.