Die Geschichte des Auftragskillers Steven Caine, der bei seiner Hinrichtung, von einer dunklen Macht, dem Volk von Kyan'Kor vor dem sicheren Tod gerettet wird. Dieses Volk lebt seit Jahrtausenden im Verborgenen, von wo es die Geschicke der Erde lenkt. Caine ist dazu auserkoren, der neue Träger des Penumbra-Amulettes zu werden, in dem der Geist eines der grausamsten Kämpfer der Kyan'Kor gebannt ist.

Im Winter des Jahres 1944 versuchen die Nazis der drohenden Kriegsniederlage zu entgehen, indem sie, mit Hilfe eines Magiers, ein Bündnis mit den Mächten der Finsternis schließen. Doch die grausamen Pläne scheitern und der Abgesandte der Hölle landet bei den Alliierten. Als Ermittler bei B.U.A.P. (Behörde zur Untersuchung und Abwehr paranormaler Erscheinungen), trifft Hellboy ein halbes Jahrhundert später auf den Mann, der ihn einst heraufbeschwor und ihn nun endgültig für seine apokalyptischen Pläne einsetzen will.

1886, nach dem plötzlichen Tod seiner Eltern kehrt der junge Adam Salton wieder nach England zurück, wo ihn sein Onkel Richard Salton wie einen Sohn aufnimmt. Schon bei der Ankunft sorgen bei Adam eindringliche Visionen und Tagträume für eine Trübung des sonst so herzlichen Empfangs. Zusammen mit Nathaniel de Salis erforscht Adam diese Phänomene und stößt dabei auf eine fürchterliche Entdeckung. Seit Jahrhunderten dient die Grafschaft einem grausamen Kult.

Paxton ist ein Schmelztiegel hunderter verschiedener Rassen, eine grelle Ansammlung von Aliens, Robotern, Mutanten und Menschen, mit allen daraus resultierenden Besonderheiten und kulturellen Konflikten. Hier werden verstümmelte Klone als Kunstobjekte erschaffen, Morde als religiöse Aufgabe verstanden und Menschen als Bibliothek des Leidens benutzt...

In Paxton, besser bekannt als PUNKTOWN, traut man besser keinem Fremden. Aber was, wenn man nicht mit Sicherheit sagen kann, wer wirklich ein Fremder ist...