Die Geschichte des Auftragskillers Steven Caine, der bei seiner Hinrichtung, von einer dunklen Macht, dem Volk von Kyan'Kor vor dem sicheren Tod gerettet wird. Dieses Volk lebt seit Jahrtausenden im Verborgenen, von wo es die Geschicke der Erde lenkt. Caine ist dazu auserkoren, der neue Träger des Penumbra-Amulettes zu werden, in dem der Geist eines der grausamsten Kämpfer der Kyan'Kor gebannt ist.

Im Winter des Jahres 1944 versuchen die Nazis der drohenden Kriegsniederlage zu entgehen, indem sie, mit Hilfe eines Magiers, ein Bündnis mit den Mächten der Finsternis schließen. Doch die grausamen Pläne scheitern und der Abgesandte der Hölle landet bei den Alliierten. Als Ermittler bei B.U.A.P. (Behörde zur Untersuchung und Abwehr paranormaler Erscheinungen), trifft Hellboy ein halbes Jahrhundert später auf den Mann, der ihn einst heraufbeschwor und ihn nun endgültig für seine apokalyptischen Pläne einsetzen will.

Smoky Barrett gehörte zu den besten FBI-Agenten der USA, bis der Doppelmord an ihrem Mann und ihrer Tochter ihr Leben zerstörte. Seitdem ist ihre linke Gesichtshälfte von einer Narbe entstellt. Nichtsdestotrotz ist sie eine brillante Ermittlerin, die perfekt mit Waffen umgehen kann. In "Das Böse in uns" wird eine junge Frau auf einem Flug nach Virginia ermordet, die Besatzung findet Lisas Leiche erst nach der Landung. Die FBI-Agentin Smoky Barrett hat lediglich einen Hinweis: ein silbernes Kreuz mit der Zahl 143 im Körper der Toten. Zählt der Mörder seine Opfer?

Auch nach ihrem Umzug in die USA werden Stephen Foxx und Judith von ihrer Vergangenheit verfolgt - die Existenz des Jesus-Videos lastet gleichsam wie Segen und Fluch auf ihnen. Währenddessen verfolgt Samuel Barron, strenggläubiger Asket und einer der reichsten Männer der Welt, ganz eigene Pläne: Nach jahrelanger, sorgfältiger Vorbereitung will er seinen Sohn Michael und drei Gefährten per Zeitreise in die Vergangenheit schicken, in die Zeit von Jesus Christus.

Science Fiction-Autor Peter Eisenhardt staunt nicht schlecht, als er vom Multimilliardär John Kaun als Berater zu einer historischen Ausgrabungsstätte nach Israel gelotst wird. Hier arbeiten auch Stephen Foxx und Judith Menez, Zeugen des wohl außergewöhnlichsten archäologischen Fundstücks aller Zeiten: der Bedienungsanleitung zu einer hochmodernen Videokamera, in einem 2000 Jahre alten Grab. Das Wettrennen um die Entschlüsselung des Rätsels beginnt.