Im Winter des Jahres 1944 versuchen die Nazis der drohenden Kriegsniederlage zu entgehen, indem sie, mit Hilfe eines Magiers, ein Bündnis mit den Mächten der Finsternis schließen. Doch die grausamen Pläne scheitern und der Abgesandte der Hölle landet bei den Alliierten. Als Ermittler bei B.U.A.P. (Behörde zur Untersuchung und Abwehr paranormaler Erscheinungen), trifft Hellboy ein halbes Jahrhundert später auf den Mann, der ihn einst heraufbeschwor und ihn nun endgültig für seine apokalyptischen Pläne einsetzen will.

In den unterirdischen Gewölben des Anwesens der Cavendish-Familie trifft HELLBOY, der coolste Agent der Behörde zur Untersuchung und Abwehr Paranormaler Erscheinungen, auf Rasputin, der ihn einst heraufbeschwor. Nun will Rasputin HELLBOY benutzen, um Ogdru-Jahad, das mystisches Wesen, das vor ewigen Zeiten von der Erde verbannt wurde, zurückzubringen und so das Schicksal der Welt ein für alle Mal zu besiegeln.

Die Ermittlungen zu diesem Fall führen HELLBOY, den coolsten Agenten der Behörde zur Untersuchung und Abwehr Paranormaler Erscheinungen nach Rumänien, in das Schloss eines alten Vampirs. Dort überschlagen sich die Ereignisse. HELLBOY sieht sich mit Untoten, Hexen und alten Bekannten konfrontiert und dann ist da auch noch die Sache mit seiner Bestimmung.

In Rumänien hat HELLBOY, der coolste Agent der "Behörde zur Untersuchung und Abwehr Paranormaler Erscheinungen", den Vampir Giurescu aufgespürt. Doch nicht nur aus Giurescus Schloss droht HELLBOY Unheil...Die Behörde wird offensichtlich sabotiert, seine Kameraden in tödliche Fallen gelockt und HELLBOY sieht sich erneut einem bekannten Gegner gegenüber, der ihn an seine Bestimmung erinnert. Ist HELLBOY wirklich auf der Welt, um das Ende der Menschheit herbei zu führen?