Nach zahlreichen Schicksalsschlägen scheint sich das Blatt für die Crew der HYPERION zu wenden. Sie sind Teil der Rebellenflotte und stehen nicht mehr alleine gegen die Diktatur auf der Erde. Nach den Vorbereitungen von Tess Kensington und Ivo Coen setzt Admiral Pendergast die Flotte in Richtung der NOVA-Station in Gang. Hier treffen zahlreiche Schicksale aufeinander, alte Freunde kehren zurück, Opfer werden gebracht und Rätsel gelöst. Doch steht am Ende tatsächlich der so sehnlichst erhoffte Sieg?

Dank eines waghalsigen Einsatzes konnten die Rebellen auf der Erde befreit werden. Niemand ahnt jedoch, dass auch dies zum Plan des selbsternannten Imperators Sjöberg gehörte. Und so ist es ein Schock, als "Projekt Vergeltung" im Alzir-System zuschlägt. Obwohl Admiral Pendergast sofort aktiv wird, ist die Zahl der Opfer groß. Gibt es ein Mittel gegen den tödlichen Erios-3-Virus? Unterdessen befindet sich die HYPERION im Einsatz.

Unter großen Opfern hat die HYPERION ihre Mission überstanden, doch das Schiff liegt in Trümmern. Während die Instandsetzungsarbeiten andauern, gehen einige der Offiziere getrennte Wege. Captain Cross und Alpha 365 sollen sich um das Problem mit den Kommandochips kümmern, Tess Kensington und Lukas Akoskin erhalten ihrerseits einen eigenen Auftrag, der sie direkt in die Höhle des Löwen führt - wo sie auf einen alten bekannten treffen. Unterdessen plant Admiral Pendergast ihre nächsten Schritte und auch Präsident Sjöberg bleibt nicht untätig.

Noch nie zuvor war die Situation so aussichtslos. Die Parliden machen weiterhin Jagd auf die HYPERION, um sich für den Anschlag auf ihre Heimatwelt zu rächen und das Schiff kann nicht entkommen. An Bord herrscht unterdessen Chaos: Loyalisten des neuen Regimes kämpfen gegen die Rebellen. Captain Cross muss akzeptieren, dass seine Entscheidung weitreichende Konsequenzen hat und Opfer kosten wird.

Sarah McCall bricht ihr Schweigen und enthüllt über die Omega-Datei die Geschichte ihres langen Lebens. Die Menschheit wird Zeuge einer Reise durch die Jahrhunderte voller Verrat, Kampf und einem unglaublichen Plan - dem Jahrhundertplan.

Ein letztes Mal soll Captain Cross zu einer Mission mit der HYPERION aufbrechen. Sein Tod ist bereits beschlossen - und nicht nur der Seine. Doch Jayden ist durch Sarah McCall vorgewarnt und überdenkt seine nächsten Schritte. Wofür wird sich der Kommandant des ersten Interlink-Kreuzers der Menschheit entscheiden? Eines scheint klar: Egal welche Richtung er am Ende einschlägt, den Preis werden Menschen zahlen müssen, die ihm nahestehen.

Der Verräter wurde enttarnt, doch was war seine eigentliche Aufgabe, was steckte hinter der Infiltration der HYPERION? Als die Raumstation am Rand des Stillen Sektors einen Anstieg von Fraktal-Energie entdeckt, wird die Space Navy aktiv. Doch was erwartet die ausgesandte Crew im Zentrum der Gewalten?

Explodierende Bomben und Anschläge durch Attentäter destabilisieren die Regierung der Solaren Union. Präsidentin Ione Kartess muss hilflos mit ansehen, wie Michalew seine Macht ausspielt. Dieser ahnt nicht, dass auch er selbst nur eine Marionette ist, und holt zum großen Schlag aus. Gleichzeitig befindet sich die HYPERION auf dem Weg zur Erde, als Alpha 365 sich daran macht, den Verräter endgültig zu enttarnen.

Die HYPERION erreicht die Nova-Station, um das zweite Fraktal zu übergeben. Doch die Routine endet abrupt, als eine feindliche Armada die Raumstation angreift und gleichzeitig ein Attentat geschieht. Kann die HYPERION die Nova-Station noch retten? Zur selben Zeit enthüllt Admiral Michalew der Admiralität die Wahrheit über den gefundenen Parlidenkörper. Der Schock sitzt tief und selbst die Präsidentin hätte mit etwas Derartigem nie gerechnet. Doch was wird die mächtigste Frau der Solaren Union unternehmen?

In einer neu gegründeten Forschungsstation auf dem Mars wird das geborgene Fraktal von der Wissenschaftsakademie untersucht. Als Admiral Sjöberg und Captain Cross die Einrichtungen besichtigen, kommt es zur Katastrophe, als das Artefakt erneut seine Macht beweist. Gleichzeitig muss sich Commander Ishida auf der HYPERION gegen Intrigen zur Wehr setzen, die Michalews Verbündete gegen sie in die Wege leiten. Intrigen, die sie erneut alles kosten könnten.

Der Schleier von Kintaru ist instabil und droht zu kollabieren. Deshalb ersinnt Tarlin einen waghalsigen Plan und schickt die Männer der Skyclad auf den Eismond Kieron. Eine kontrollierte Sprengung soll das Gleichgewicht der Himmelskörper wiederherstellen. Der einfach klingende Plan wird zum Höllenritt: Denn nicht nur extreme Umweltbedingungen machen dem Team zu schaffen, sondern auch ein feindliches Keilschiff, das bereits Verfolgung aufgenommen hat.

Eine verlassene Forschungsstation auf dem Eismond Kieron dient dem Team der Skyclad als Zufluchtsort. Dort soll sich angeblich ein Rettungsshuttle befinden, das Jay und die anderen nach Kintaru zurückbringen kann. Die düsteren Baracken halten einige unangenehme Überraschungen bereit - und bald bemerken die Männer, dass sie nicht allein auf der Station sind.

Odyssee durch ein Imperium am Abgrund! Die Terranische Republik zerbricht. Ehemalige Kolonien erklären ihre Unabhängigkeit und stürzen die Galaxis ins Chaos. In einer katastrophalen Schlacht kann sich der terranische Sternkreuzer Proxima gerade noch aus der Kampfzone retten. Auf dem Rückzug kämpft die Proxima ums bloße Überleben und wird zum Spielball in einem unübersichtlichen Krieg. Doch Captain Zadiya Ark und ihre Crew ahnen nicht, dass das Schicksal noch weitaus härtere Schläge für sie bereithält...

Ein Crewmitglied wird in seinem Quartier von heimtückischen Käfern angegriffen und kommt auf schreckliche Weise ums Leben. Die mysteriösen Umstände des Todes und die Tatsache, dass eigentlich Jay in diesem Zimmer hätte übernachten sollen, wecken in Kari einen schlimmen Verdacht: Wollte jemand einen Mordanschlag auf den Mann von der Skyclad verüben? Und schwebt er nach wie vor in Lebensgefahr?

Amy Keppler plagen Alpträume von grauenvollen Erlebnissen auf einem feindlichen Tarox-Raumschiff. Obwohl sie beunruhigende Wesensveränderungen an sich feststellt, vertraut sich die Biologin niemandem an. Nicht einmal Jay, der zwar ahnt, dass irgendetwas vor sich geht, die Zusammenhänge aber noch nicht vollständig erkennt. Eines Nachts treten 4 Crewmitglieder der Skyclad an Amy heran und konfrontieren sie mit einer erschreckenden Wahrheit.