Die Crew der Skyclad landet auf einem düsteren Kometen, um dringend nötige Außenreparaturen durchzuführen. Schon bald stellen manche Besatzungsmitglieder Veränderungen an sich fest. Sie werden unruhig, aggressiv. Hören Stimmen, die sie beeinflussen wollen. Geht von dem toten Gestein irgendeine lebensbedrohliche Strahlung aus? Als Jay das Geheimnis des Kometen ergründen kann, hat sich bereits der Schrecken auf dem Schiff ausgebreitet und droht es zu vernichten.

Jason Jublonsky, ein Journalist aus England, wird von der Forschungseinrichtung CET nach Genf eingeladen, um exklusiv über eine neue, bahnbrechende technische Errungenschaft zu berichten. Tatsächlich präsentiert man ihm ein gigantisches Raumschiff - die Skyclad. Doch das Ziel des eigens für den Reporter inszenierten Demonstrationsflugs ist nicht etwa der Weltraum, sondern die unerforschte Dimension des Mikrokosmos.

Captain Pierce und seine Crew folgen einem Notruf aus dem Fraktal und entdecken daraufhin ein verlassenes Raumschiff, das manövrierunfähig in der Schwerelosigkeit treibt. Spooner und Jay wollen der Sache auf den Grund gehen und betreten das Schiff. Ein schwerer Fehler, denn bald stellen sie fest, dass die Besatzung nicht ohne Grund geflohen ist.

Die Besatzung der Skyclad fängt eine Rettungskapsel ab und staunt nicht schlecht, als dieser ein fremdartiges, aber faszinierendes Wesen entsteigt: Kari, eine Prinzessin vom Planeten Kintaru. Captain Pierce bietet ihr an, sie zu ihrer Heimat zu bringen. Damit durchkreuzt er jedoch die finsteren Pläne eines im Verborgenen lauernden Aggressors, der nun zum Handeln gezwungen wird.

Nach einer spektakulären Rettungsaktion kann die Skyclad schwer beschädigt auf Kintaru notlanden, wo sie Schutz vor dem feindlichen Keilschiff findet. Auf dem Heimatplaneten von Prinzessin Kari tut sich den Fraktalreisenden eine faszinierende, neue Welt auf - die aber auch tödliche Gefahren birgt, wie einige Crewmitglieder bald am eigenen Leib feststellen müssen.

Ein Crewmitglied wird in seinem Quartier von heimtückischen Käfern angegriffen und kommt auf schreckliche Weise ums Leben. Die mysteriösen Umstände des Todes und die Tatsache, dass eigentlich Jay in diesem Zimmer hätte übernachten sollen, wecken in Kari einen schlimmen Verdacht: Wollte jemand einen Mordanschlag auf den Mann von der Skyclad verüben? Und schwebt er nach wie vor in Lebensgefahr?

Kari läßt sich auf ein gefährliches Abenteuer ein: Mit Hilfe der "Traummaschine", einer Art Astralprojektion, begibt sie sich an Bord eines Keilschiffes, um mehr über die Wesen zu erfahren, die Kintaru bedrohen. Die düsteren Korridore stecken voller Geheimnisse und offenbaren wertvolle Erkenntnisse über die Absichten des Feindes. Doch dann wird Karis Anwesenheit bemerkt.

Amy und die anderen Verschwörer stürmen die Schildkontrolle. Sie wollen den Schleier öffnen, damit die feindlichen Keilschiffe Kintaru angreifen können. Baloras setzt alles daran, die Kontrolle zurückzuerlangen und ist bereit, alle Angreifer zu töten. Deshalb wagt sich Jay als Vermittler zwischen die Fronten, um Amys Leben zu retten.

Amy Keppler plagen Alpträume von grauenvollen Erlebnissen auf einem feindlichen Tarox-Raumschiff. Obwohl sie beunruhigende Wesensveränderungen an sich feststellt, vertraut sich die Biologin niemandem an. Nicht einmal Jay, der zwar ahnt, dass irgendetwas vor sich geht, die Zusammenhänge aber noch nicht vollständig erkennt. Eines Nachts treten 4 Crewmitglieder der Skyclad an Amy heran und konfrontieren sie mit einer erschreckenden Wahrheit.

Der Schleier von Kintaru ist instabil und droht zu kollabieren. Deshalb ersinnt Tarlin einen waghalsigen Plan und schickt die Männer der Skyclad auf den Eismond Kieron. Eine kontrollierte Sprengung soll das Gleichgewicht der Himmelskörper wiederherstellen. Der einfach klingende Plan wird zum Höllenritt: Denn nicht nur extreme Umweltbedingungen machen dem Team zu schaffen, sondern auch ein feindliches Keilschiff, das bereits Verfolgung aufgenommen hat.

Die HYPERION erreicht die Nova-Station, um das zweite Fraktal zu übergeben. Doch die Routine endet abrupt, als eine feindliche Armada die Raumstation angreift und gleichzeitig ein Attentat geschieht. Kann die HYPERION die Nova-Station noch retten? Zur selben Zeit enthüllt Admiral Michalew der Admiralität die Wahrheit über den gefundenen Parlidenkörper. Der Schock sitzt tief und selbst die Präsidentin hätte mit etwas Derartigem nie gerechnet. Doch was wird die mächtigste Frau der Solaren Union unternehmen?

Unter großen Opfern hat die HYPERION ihre Mission überstanden, doch das Schiff liegt in Trümmern. Während die Instandsetzungsarbeiten andauern, gehen einige der Offiziere getrennte Wege. Captain Cross und Alpha 365 sollen sich um das Problem mit den Kommandochips kümmern, Tess Kensington und Lukas Akoskin erhalten ihrerseits einen eigenen Auftrag, der sie direkt in die Höhle des Löwen führt - wo sie auf einen alten bekannten treffen. Unterdessen plant Admiral Pendergast ihre nächsten Schritte und auch Präsident Sjöberg bleibt nicht untätig.

Am 01. November 2265 übernimmt Captain Jayden Cross das Kommando über die Hyperion. Ausgerüstet mit einem neuartigen Antrieb und dem Besten an Offensiv- und Defensivtechnik, wird die Hyperion an den Brennpunkten der Solaren Union eingesetzt. Bereits ihr erster Auftrag führt die Crew in ein gefährliches Abenteuer. Eine Bergungsmission entartet zur Katastrophe. Umringt von Feinden muss Captain Cross eine schwerwiegende Entscheidung treffen, die über Leben und Tod, Krieg oder Frieden in der Solaren Union entscheiden könnte.

Sarah McCall bricht ihr Schweigen und enthüllt über die Omega-Datei die Geschichte ihres langen Lebens. Die Menschheit wird Zeuge einer Reise durch die Jahrhunderte voller Verrat, Kampf und einem unglaublichen Plan - dem Jahrhundertplan.

Der Verräter wurde enttarnt, doch was war seine eigentliche Aufgabe, was steckte hinter der Infiltration der HYPERION? Als die Raumstation am Rand des Stillen Sektors einen Anstieg von Fraktal-Energie entdeckt, wird die Space Navy aktiv. Doch was erwartet die ausgesandte Crew im Zentrum der Gewalten?