Nach langer, gefahrvoller Suche spüren die Jedi endlich den Separatistenführer Count Dooku auf. Doch der heldenhafte Versuch Anakin Skywalkers, den Count gefangen zu nehmen, schlägt fehl. Als der Kontakt zu ihm abbricht, begibt sich Obi-Wan Kenobi zum letzten bekannten Aufenthaltsort seines Freundes.

Im Kampf verschollen. Anakin Skywalkers heroischer Navigationsdroide R2-D2 ist während eines Gefechts verlorengegangen. Da er trotz verzweifelter Suche nicht gefunden wurde, musste Anakin einen neuen Navigator an Bord nehmen, R3-S6. Nun wartet die nächste gefährliche Mission auf die Jedi, das Aufspüren einer geheimen Abhörstation.

Die republikanische Flotte ist in der Defensive und wird an den Rand des Abgrunds gedrängt. Der Krieg wütet in den hart umkämpften Territorien des Outer Rim. Chaos und Furcht nehmen zu. Im Quell-System schließlich kommt es zur Schlacht zwischen einer Gruppe separatistischer Fregatten und drei republikanischen Sternzerstörern.

Kampfdroiden auf Naboo! Während separatistische Rebellen quer durch die Galaxis wüten, bleiben auch friedliche Planeten nicht verschont. Nach der Entdeckung feindlicher Droiden inmitten der Grasebenen Naboos befindet sich der Planet erneut in Alarmbereitschaft...

Die Klontruppen vereinigen ihre Kräfte. Der Krieg im Outer Rim, dem äußeren Rand der Galaxis, weitet sich aus, und die Jedi-Ritter sind weit verstreut. Aufgrund des anhaltenden Bedarfs an Kräften, sind bedauerlicherweise viele Klonsoldaten gezwungen, sich bereits vor Ende ihrer Ausbildung im Gefecht zu bewähren.

Der Holocron-Raub. "Eine gelernte Lektion ist eine verdiente Lektion." Da Ahsoka Tano einen Befehl missachtete, wird sie bestraft: für eine unbestimmte Zeit soll sie den Wachdienst im Archiv der Jedi übernehmen. Zeitgleich wird der mysteriöse Kopfgeldjäger Cad Bane von Darth Sidious beauftragt, in das Archiv des Jedi-Tempels auf Coruscant einzubrechen und einen wertvollen Jedi-Holocron zu stehlen. Schicksalhafte Ladung. "Selbstüberschätzung ist die gefährlichste Form des Leichtsinns." Nach dem gelungenen Coup hat der skrupellose Cad Bane Meister Bolla Ropal überwältigt und entführt.

Jedi-Meister Eeth Koth wird nach der Zerstörung seiner Flotte von General Grievous als Geisel gefangen gehalten. Der schurkische General plant so die Jedi anzulocken - was ihm auch gelingt! Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi und Adi Gallia machen sich auf den Weg, um Eeth Koth zu befreien und den skrupellosen Cyborg endlich zu ergreifen...

Ein Außenposten in Schutt und Asche! Die Jedi haben den Kontakt zu einer Klon-Streitmacht verloren, die auf dem schneebedeckten Planeten Orto-Plutonia stationiert ist. Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker wurden ausgesandt, um das Verschwinden der Klonsoldaten inmitten dieser unwirtlichen Ödnis aufzuklären.

Kinder der Macht. "Geduld ist der erste Schritt, um einen Fehler wieder gutzumachen.". Nachdem Cad Bane Anakin Skywalker und Ahsoka Tano entkommen konnte, übermittelt er die auf dem gestohlenen Jedi-Holocron gespeicherten Daten an Darth Sidious. Es handelt sich um die Namen aller zukünftigen Jünglinge des Jedi-Ordens. Der Kopfgeldjäger Bane soll diese Kinder nun entführen, damit der Dunkle Lord sie als Spione ausbilden kann. Spion des Senats. "An einem ehrlichen Herzen sollte man nie zweifeln."

Es ist eine unruhige Zeit in einer vom Krieg geteilten Galaxis. Republik und Separatisten buhlen um die Gunst neutraler Planeten, die sich für eine Seite entscheiden müssen... oder Gefahr laufen, besetzt zu werden.

Der Sieg ist greifbar nahe! Unter der Führung der Jedi ist den Klontruppen der Republik die Invasion der von Separatisten besetzten Welt Ryloth gelungen. Während Anakin Skywalker den Luftkampf bestreitet, befreit Obi-Wan Kenobi Dorf um Dorf aus der Gewalt des niederträchtigen Separatistenführers Wat Tambor. Jedi-General Mace Windu führt die letzte Offensive gegen die feindlichen Linien, um Lessu, die Hauptstadt des Planeten, einzunehmen.

Vermächtnis des Terrors: "Hilfe anzunehmen, ist manchmal schwerer als sie anzubieten." Nachdem die unheilvolle Droidenfabrik auf Geonosis erfolgreich zerstört wurde, leiten Jedi-Meister Luminara Unduli und Obi-Wan Kenobi eine intensive Suchaktion ein, um Separatistenführer Poggle den Geringeren zu finden und ihn seiner gerechten Strafe zuzuführen. Doch während der Verfolgung verschwindet Luminara Unduli... Gehirn-Parasiten: "Zuneigung ist nicht mit Mitleid zu verwechseln." Die Padawane Ahsoka Tano und Barriss Offee erhalten einen wichtigen Auftrag.

Sturm über Ryloth. "Steinig ist der Weg, der zu wahrer Größe führt." Der Planet Ryloth ist gefallen! Einer brutalen Droidenbesatzung unterworfen, sieht die Bevölkerung durch die Blockade der Separatisten dem Hungertod entgegen. Doch Hilfe naht, denn die Nachricht von der brutalen Herrschaft der Besatzer unter dem Kommando des Separatistenführers Wat Tambor ist bereits bis nach Coruscant gedrungen. Auf Bitten des Senats startet die Große Armee der Republik eine gewagte Offensive, um das System zu befreien. Die Unschuldigen von Ryloth.

"Mut bringt Helden hervor, aber Vertrauen schafft Freundschaft." Die Jedi kämpfen an allen Fronten. Eine Vielzahl von Krankenstationen wurde errichtet, sie dienen den Verletzten als Rettungsinseln. Aber diese Einrichtungen sind leichte Beute für die Separatisten. Als der Kontakt zur Medistation, die Felucia umkreist, abbricht, machen sich Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker und Ahsoka Tano mit einem Shuttle auf den Weg, um der Sache auf den Grund zu gehen... Das Zillo-Biest "Der einfachste Weg ist nicht immer der richtige.".

Während die Klon-Armee verzweifelt versucht, General Grievous Sternenflotte zu bekämpfen, erheben sich einst als sicher geltende separatistische Planeten nun gegen die Republik. Auf Geonosis lässt Separatistenführer Poggle der Geringere in seinen Fabriken tausende schrecklicher neuer Waffen vom Band laufen, um sie gegen die ausgedünnte Klon-Armee einzusetzen. Die Jedi sind fest entschlossen, die Ordnung in der Republik wieder herzustellen... Die Waffenfabrik "Kein Geschenk ist kostbarer als Vertrauen.".