Explodierende Bomben und Anschläge durch Attentäter destabilisieren die Regierung der Solaren Union. Präsidentin Ione Kartess muss hilflos mit ansehen, wie Michalew seine Macht ausspielt. Dieser ahnt nicht, dass auch er selbst nur eine Marionette ist, und holt zum großen Schlag aus. Gleichzeitig befindet sich die HYPERION auf dem Weg zur Erde, als Alpha 365 sich daran macht, den Verräter endgültig zu enttarnen.

In einer neu gegründeten Forschungsstation auf dem Mars wird das geborgene Fraktal von der Wissenschaftsakademie untersucht. Als Admiral Sjöberg und Captain Cross die Einrichtungen besichtigen, kommt es zur Katastrophe, als das Artefakt erneut seine Macht beweist. Gleichzeitig muss sich Commander Ishida auf der HYPERION gegen Intrigen zur Wehr setzen, die Michalews Verbündete gegen sie in die Wege leiten. Intrigen, die sie erneut alles kosten könnten.

Der Verräter wurde enttarnt, doch was war seine eigentliche Aufgabe, was steckte hinter der Infiltration der HYPERION? Als die Raumstation am Rand des Stillen Sektors einen Anstieg von Fraktal-Energie entdeckt, wird die Space Navy aktiv. Doch was erwartet die ausgesandte Crew im Zentrum der Gewalten?

Ein letztes Mal soll Captain Cross zu einer Mission mit der HYPERION aufbrechen. Sein Tod ist bereits beschlossen - und nicht nur der Seine. Doch Jayden ist durch Sarah McCall vorgewarnt und überdenkt seine nächsten Schritte. Wofür wird sich der Kommandant des ersten Interlink-Kreuzers der Menschheit entscheiden? Eines scheint klar: Egal welche Richtung er am Ende einschlägt, den Preis werden Menschen zahlen müssen, die ihm nahestehen.

Am 01. November 2265 übernimmt Captain Jayden Cross das Kommando über die Hyperion. Ausgerüstet mit einem neuartigen Antrieb und dem Besten an Offensiv- und Defensivtechnik, wird die Hyperion an den Brennpunkten der Solaren Union eingesetzt. Bereits ihr erster Auftrag führt die Crew in ein gefährliches Abenteuer. Eine Bergungsmission entartet zur Katastrophe. Umringt von Feinden muss Captain Cross eine schwerwiegende Entscheidung treffen, die über Leben und Tod, Krieg oder Frieden in der Solaren Union entscheiden könnte.

Unter großen Opfern hat die HYPERION ihre Mission überstanden, doch das Schiff liegt in Trümmern. Während die Instandsetzungsarbeiten andauern, gehen einige der Offiziere getrennte Wege. Captain Cross und Alpha 365 sollen sich um das Problem mit den Kommandochips kümmern, Tess Kensington und Lukas Akoskin erhalten ihrerseits einen eigenen Auftrag, der sie direkt in die Höhle des Löwen führt - wo sie auf einen alten bekannten treffen. Unterdessen plant Admiral Pendergast ihre nächsten Schritte und auch Präsident Sjöberg bleibt nicht untätig.

Die Rebellen konnten einen Sieg für sich verbuchen, der jedoch durch die I.S.P. gedämpft wird. Admiral Santana Pendergast versucht alles, die Gefangenenlager aufzulösen und die Geiseln zu befreien. Unterstützung erhält sie dabei von Irina Petrova. Gleichzeitig bricht die HYPERION zu einem neuen Auftrag auf, der Präsident Sjöberg schmerzhaft treffen soll.

Nach zahlreichen Schicksalsschlägen scheint sich das Blatt für die Crew der HYPERION zu wenden. Sie sind Teil der Rebellenflotte und stehen nicht mehr alleine gegen die Diktatur auf der Erde. Nach den Vorbereitungen von Tess Kensington und Ivo Coen setzt Admiral Pendergast die Flotte in Richtung der NOVA-Station in Gang. Hier treffen zahlreiche Schicksale aufeinander, alte Freunde kehren zurück, Opfer werden gebracht und Rätsel gelöst. Doch steht am Ende tatsächlich der so sehnlichst erhoffte Sieg?

Dank eines waghalsigen Einsatzes konnten die Rebellen auf der Erde befreit werden. Niemand ahnt jedoch, dass auch dies zum Plan des selbsternannten Imperators Sjöberg gehörte. Und so ist es ein Schock, als "Projekt Vergeltung" im Alzir-System zuschlägt. Obwohl Admiral Pendergast sofort aktiv wird, ist die Zahl der Opfer groß. Gibt es ein Mittel gegen den tödlichen Erios-3-Virus? Unterdessen befindet sich die HYPERION im Einsatz.

Sarah McCall bricht ihr Schweigen und enthüllt über die Omega-Datei die Geschichte ihres langen Lebens. Die Menschheit wird Zeuge einer Reise durch die Jahrhunderte voller Verrat, Kampf und einem unglaublichen Plan - dem Jahrhundertplan.

Der Schleier von Kintaru ist instabil und droht zu kollabieren. Deshalb ersinnt Tarlin einen waghalsigen Plan und schickt die Männer der Skyclad auf den Eismond Kieron. Eine kontrollierte Sprengung soll das Gleichgewicht der Himmelskörper wiederherstellen. Der einfach klingende Plan wird zum Höllenritt: Denn nicht nur extreme Umweltbedingungen machen dem Team zu schaffen, sondern auch ein feindliches Keilschiff, das bereits Verfolgung aufgenommen hat.

Amy und die anderen Verschwörer stürmen die Schildkontrolle. Sie wollen den Schleier öffnen, damit die feindlichen Keilschiffe Kintaru angreifen können. Baloras setzt alles daran, die Kontrolle zurückzuerlangen und ist bereit, alle Angreifer zu töten. Deshalb wagt sich Jay als Vermittler zwischen die Fronten, um Amys Leben zu retten.

Amy Keppler plagen Alpträume von grauenvollen Erlebnissen auf einem feindlichen Tarox-Raumschiff. Obwohl sie beunruhigende Wesensveränderungen an sich feststellt, vertraut sich die Biologin niemandem an. Nicht einmal Jay, der zwar ahnt, dass irgendetwas vor sich geht, die Zusammenhänge aber noch nicht vollständig erkennt. Eines Nachts treten 4 Crewmitglieder der Skyclad an Amy heran und konfrontieren sie mit einer erschreckenden Wahrheit.

Die Menschheit hat die Milchstraße besiedelt und wird durch die eiserne Hand der Imperatrix Viktoria X regiert. Die erste Begegnung mit einer außerirdischen Rasse verlief nicht friedlich und das Imperium liegt in einem unerbittlichen Krieg mit dem Volk der Seisossa, einer Echsen ähnlichen Rasse, die die Menschen ganz oben auf Ihren Speiseplan stehen haben. Doch Männer und Frauen der imperialen Truppen, werfen sich den Angreifern mutig und entschlossen entgegen. Unter Ihnen ist auch Captain John James Johnson. Sein bevorzugtes Einsatzgebiet ist die Front.

Kari läßt sich auf ein gefährliches Abenteuer ein: Mit Hilfe der "Traummaschine", einer Art Astralprojektion, begibt sie sich an Bord eines Keilschiffes, um mehr über die Wesen zu erfahren, die Kintaru bedrohen. Die düsteren Korridore stecken voller Geheimnisse und offenbaren wertvolle Erkenntnisse über die Absichten des Feindes. Doch dann wird Karis Anwesenheit bemerkt.