In einer neu gegründeten Forschungsstation auf dem Mars wird das geborgene Fraktal von der Wissenschaftsakademie untersucht. Als Admiral Sjöberg und Captain Cross die Einrichtungen besichtigen, kommt es zur Katastrophe, als das Artefakt erneut seine Macht beweist. Gleichzeitig muss sich Commander Ishida auf der HYPERION gegen Intrigen zur Wehr setzen, die Michalews Verbündete gegen sie in die Wege leiten. Intrigen, die sie erneut alles kosten könnten.

Explodierende Bomben und Anschläge durch Attentäter destabilisieren die Regierung der Solaren Union. Präsidentin Ione Kartess muss hilflos mit ansehen, wie Michalew seine Macht ausspielt. Dieser ahnt nicht, dass auch er selbst nur eine Marionette ist, und holt zum großen Schlag aus. Gleichzeitig befindet sich die HYPERION auf dem Weg zur Erde, als Alpha 365 sich daran macht, den Verräter endgültig zu enttarnen.

Am 01. November 2265 übernimmt Captain Jayden Cross das Kommando über die Hyperion. Ausgerüstet mit einem neuartigen Antrieb und dem Besten an Offensiv- und Defensivtechnik, wird die Hyperion an den Brennpunkten der Solaren Union eingesetzt. Bereits ihr erster Auftrag führt die Crew in ein gefährliches Abenteuer. Eine Bergungsmission entartet zur Katastrophe. Umringt von Feinden muss Captain Cross eine schwerwiegende Entscheidung treffen, die über Leben und Tod, Krieg oder Frieden in der Solaren Union entscheiden könnte.

Der Verräter wurde enttarnt, doch was war seine eigentliche Aufgabe, was steckte hinter der Infiltration der HYPERION? Als die Raumstation am Rand des Stillen Sektors einen Anstieg von Fraktal-Energie entdeckt, wird die Space Navy aktiv. Doch was erwartet die ausgesandte Crew im Zentrum der Gewalten?

Ein letztes Mal soll Captain Cross zu einer Mission mit der HYPERION aufbrechen. Sein Tod ist bereits beschlossen - und nicht nur der Seine. Doch Jayden ist durch Sarah McCall vorgewarnt und überdenkt seine nächsten Schritte. Wofür wird sich der Kommandant des ersten Interlink-Kreuzers der Menschheit entscheiden? Eines scheint klar: Egal welche Richtung er am Ende einschlägt, den Preis werden Menschen zahlen müssen, die ihm nahestehen.

Unter großen Opfern hat die HYPERION ihre Mission überstanden, doch das Schiff liegt in Trümmern. Während die Instandsetzungsarbeiten andauern, gehen einige der Offiziere getrennte Wege. Captain Cross und Alpha 365 sollen sich um das Problem mit den Kommandochips kümmern, Tess Kensington und Lukas Akoskin erhalten ihrerseits einen eigenen Auftrag, der sie direkt in die Höhle des Löwen führt - wo sie auf einen alten bekannten treffen. Unterdessen plant Admiral Pendergast ihre nächsten Schritte und auch Präsident Sjöberg bleibt nicht untätig.

Nach zahlreichen Schicksalsschlägen scheint sich das Blatt für die Crew der HYPERION zu wenden. Sie sind Teil der Rebellenflotte und stehen nicht mehr alleine gegen die Diktatur auf der Erde. Nach den Vorbereitungen von Tess Kensington und Ivo Coen setzt Admiral Pendergast die Flotte in Richtung der NOVA-Station in Gang. Hier treffen zahlreiche Schicksale aufeinander, alte Freunde kehren zurück, Opfer werden gebracht und Rätsel gelöst. Doch steht am Ende tatsächlich der so sehnlichst erhoffte Sieg?

Die Rebellen konnten einen Sieg für sich verbuchen, der jedoch durch die I.S.P. gedämpft wird. Admiral Santana Pendergast versucht alles, die Gefangenenlager aufzulösen und die Geiseln zu befreien. Unterstützung erhält sie dabei von Irina Petrova. Gleichzeitig bricht die HYPERION zu einem neuen Auftrag auf, der Präsident Sjöberg schmerzhaft treffen soll.

Sarah McCall bricht ihr Schweigen und enthüllt über die Omega-Datei die Geschichte ihres langen Lebens. Die Menschheit wird Zeuge einer Reise durch die Jahrhunderte voller Verrat, Kampf und einem unglaublichen Plan - dem Jahrhundertplan.

Dank eines waghalsigen Einsatzes konnten die Rebellen auf der Erde befreit werden. Niemand ahnt jedoch, dass auch dies zum Plan des selbsternannten Imperators Sjöberg gehörte. Und so ist es ein Schock, als "Projekt Vergeltung" im Alzir-System zuschlägt. Obwohl Admiral Pendergast sofort aktiv wird, ist die Zahl der Opfer groß. Gibt es ein Mittel gegen den tödlichen Erios-3-Virus? Unterdessen befindet sich die HYPERION im Einsatz.

Die Enthüllungen von Sarah McCall und die Ankunft des neuen Feindes verändern das Gleichgewicht der Kräfte in der Milchstraße endgültig. Auf der Nova-Station muss Isa Jansen alles tun, damit die Rebellen überleben können. Dazu gehört es, logistische Probleme zu bewältigen, Offizieren zur Seite zu stehen, die alles verloren haben und um die neue Verfassung der Solaren Republik zu kämpfen. Gleichzeitig erreicht die HYPERION das andere Ende des TRION-Tunnels und begibt sich auf die Suche nach Antworten. In einer feindlichen Zukunft kämpft Commander Noriko Ishida für das Wohl ihrer Crew.

Als mehrere wichtige Maschinen ausfallen, muss die Crew der HYPERION schnell eine Lösung finden, wollen sie nicht endgültig zwischen den Sternen stranden. In ihrer Not wecken sie Sarah McCall auf, die tatsächlich einen Ausweg kennt. Doch welchen Preis wird dieser Ausweg kosten? Gleichzeitig versuchen Commander Ishida und die Chefingenieurin, die Wahrheit hinter der mysteriösen Andeutung des Zeitschattens von Ione Kartess aufzudecken, und Doktor Tauser versucht sich an dem Rätsel um den rätselhaften Folianten von Michael Larik. In der Gegenwart erreichen die Zukunftsrebellen ihr erstes Ziel und der Angriff beginnt.

Tess Kensington und Sarah McCall waren einst Freundinnen, bevor der Verrat der Frau aus der Zukunft beide entzweite. Als die HYPERION unter den Einfluss einer furchtbaren Waffe gerät, müssen sie zusammenarbeiten, um das Überleben der Crew zu sichern. Gleichzeitig gelingt es Noriko Ishida und Giulia Lorencia endlich, das Geheimnis um den lebenden Toten zu entschlüsseln - mit katastrophalen Folgen. In der Gegenwart des Jahres 2267 überschlagen sich die Ereignisse, als der Wahlkampf beginnt, ein Pakt in Gefahr gerät und ein Diktator die furchtbare Wahrheit erkennt, dass auch er nur benutzt wurde.

Captain Jayden Cross musste in den letzten Monaten gleich mehrere Verluste verkraften. Sein Bruder und sein Vater sind gestorben, seine Mutter verachtet ihn, Lieutenant Commander Kristen Belflair ist durch viele Jahrzehnte von ihm getrennt. Als eine weitere Offenbarung einen Teil seines Lebens zur Lüge macht, scheint Jayden am Ende. Doch was bedeutet die Offenbarung? Ist der letzte Zeitreisende Freund oder Feind? - Unterdessen macht sich Admiral Santana Pendergast auf der NOVA-Station daran, einen Plan auszuführen, der ihr die Freiheit zurückgeben soll.

Commander Adams und sein Team müssen aufgrund des Kriegsgeschehens auf New World das Risiko auf sich nehmen und durch ein fremdes Portal treten. Von zu Hause abgeschnitten gelangen sie auf eine Welt fernab der Erde. Glücklicherweise stoßen sie dabei auf eine ihnen wohlgesonnene Rasse, die ihnen freundlich begegnet. Allerdings können sie nicht mehr zurück und müssen der Tatsache ins Auge schauen, dass sie nie mehr nach Hause kommen werden. Der einzige überhaupt denkbare Weg wäre lebensgefährlich. Dennoch entscheidet Adams Team, diesen Schritt zu wagen.