Lloyd, Nya und Cole sitzen auf der Insel der schwarzen Witwe fest, von der es kein Entkommen gibt. Jay versucht in der Zwischenzeit alles, um dem Flaschengeist Nadakhan zu widerstehen, der es auf den letzten Wunsch des blauen Ninja abgesehen hat. Nur mit dem kann er sein Ziel erreichen und ein mächtiger Dschinnkönig werden. Doch so leicht machen es ihm unsere Helden nicht.

Seit dem Tag der Erinnerungen hat Cole endlich seine ursprüngliche Gestalt wieder und ist nicht länger ein Geist. Doch über den Köpfen der Ninja braut sich bereits neues Unheil zusammen, denn Acronix, der einst ein Elementarmeister der Zeit war, kehrt nach Ninjago zurück. Er hat mit Meister Wu noch eine Rechnung offen und wird bereits ungeduldig erwartet.

Seitdem Nadakhan, der Flaschengeist, sich aus der Teekanne der Verbannung befreien konnte, haben die Ninja keine ruhige Minute mehr. Irgendjemand begeht in ihrem Namen Verbrechen und niemand glaubt an die Unschuld unserer Helden. Was aber hat Ronan, der Meisterdieb, mit den Vorfällen zu tun? Wird er den Freunden helfen können oder spielt er ein doppeltes Spiel.

Die Ninja haben die Geister vertrieben und die Verfluchte Welt besiegt. Endlich herrscht Frieden in Ninjago. Niemand ahnt, dass sich ein alter Bekannter aus der Geisterwelt befreien konnte und eine geheimnisvolle Teekanne gefunden hat, die einige unliebsame Überraschungen für unsere Helden bereit hält.

Meister Wu ist stark geschwächt, seit er Acronix gegenübergestanden hat. Er berichtet den Ninja von den vier Zeitklingen, mit deren Hilfe er den zwei Meistern der Zeit einst ihre Kraft entzogen hat. Doch nun sind die beiden zurück und hecken einen gemeinen Plan aus, um die Macht über Ninjago an sich zu reißen.

Kay und Nya sind auf der Suche nach ihren Eltern. Sie glauben fest daran, dass die beiden noch am Leben sind und nun für Krux und Acronix arbeiten. Die Meister der Zeit haben in der Zwischenzeit eine weitere Zeitklinge entdeckt, aber die Ninja tun alles, um sie ihnen wieder abzujagen. Doch sie haben nicht mit der "Verhängnisvollen Dämmerung" gerechnet. Einer Zeitmaschine, die Krux und Acronix entgültig ans Ziel ihrer Wünsche bringen soll. Doch wird ihr böser Plan wirklich gelingen?

Die Ninja sind auf der Suche nach dem Schwert der Prophezeiung, das Ihnen dabei helfen kann, die Ruhestätte des ersten Spinjitzu-Meisters zu finden. Dort ist nämlich der Weltenkristall versteckt, auf den es auch Morro, der Meister des Windes, abgesehen hat. Mit Hilfe seiner Geister ist ihm jedes Mittel Recht, um als Erster ans Ziel zu kommen. Werden unsere Helden ihn noch rechtzeitig stoppen können?

Ein Jahr ist vergangen, seit Meister Wu in einem Zeitwirbel verschwunden ist. Niemand weiß wo er ist und Nya, Cole, Zane, Kai und Lloyd gehen jeder noch so kleinen Spur nach, um ihren Meister zu finden. Doch dann braucht die kaiserliche Familie plötzlich dringend ihre Hilfe. Eine unheimliche Motorrad Gang macht NINJAGO-Stadt unsicher und hat es auf eine geheimnisvolle Maske im Inneren des Palastes abgesehen. Können unsere Helden die Biker noch aufhalten?

Auf der Suche nach der Ruhestätte des ersten Spinjitzu-Meisters warten drei schwierige Prüfungen auf die Ninja. Erst, wenn sie diese bestehen, können sie auch den Weltenkristall finden, der den Eingang zu den geheimnisvollen sechzehn Welten bildet. Doch das Schwert der Prophezeiung hilft Morro dabei, unseren Helden immer einen Schritt voraus zu sein und er stellt sie vor die wichtigste Entscheidung ihres Lebens.

Die Ninja sind auf der Suche nach einer geheimnisvollen Schriftrolle, mit deren Hilfe sie lernen können, für kurze Zeit zu fliegen. Doch auch Moro, der Meister des Windes, will die Rolle unbedingt haben und holt sich weitere Geister zu Hilfe. Ihm ist dabei jedes Mittel recht, um vor Cole, Jay, Zane und Kai am Ziel zu sein... und da er immer noch in Lloyds Körper steckt, wird die Zeit langsam knapp. Werden unsere Helden ihren Freund rechtzeitig befreien können?

Die Ninja haben Meister Chen überlistet und den Elementarmeistern ihre Kräfte zurückgegeben. Doch so leicht gibt Chen nicht auf. Er hat bereits neue Pläne, um den Zauber doch noch zu vervollständigen und sich und seine Anhänger in Anacondrai-Kämpfer zu verwandeln. Aber dafür braucht er die Hilfe einer echten Schlange. Und dafür kommt nur Pythor in Frage.

Garmadons Motorrad Gang hat zwei der geheimnisvollen Oni Masken in ihren Besitz gebracht. Zane gelingt es, das Vertrauen der Biker zu gewinnen, um herauszufinden, wer der Kopf der Bande ist, aber seine Tarnung fliegt auf. Erst in letzter Sekunde gelingt es den Ninja, ihren Freund aus der Klemme zu retten und ihn auf ihr Flugschiff zu bringen. Sie ahnen nicht, dass sie damit in eine böse Falle tappen.

Die Ninja finden eine Karte, auf der das Versteck der dritten Oni-Maske verzeichnet ist. Sie soll sich tief im Dschungel, in einem alten Tempel, befinden. Doch auf dem Weg dorthin wird das Flugschiff unserer Helden von Garmadons Motorrad Gang attackiert und schwer beschädigt. Dabei werden Lloyd und Prinzessin Harumi von den anderen getrennt. Ein Zufall oder steckt doch mehr dahinter.

Garmadons Motorrad Gang ist es gelungen, Lloyd zu überlisten und in den Palast der Geheimnisse zu bringen. Dort soll eine geheimnisvolle Zeremonie stattfinden, mit der Lord Garmadon aus dem Reich der Verbannten zurückgeholt werden soll. Die Ninja tun alles, um das Ritual zu stoppen und ihren Freund zu befreien. Allerdings haben sie nicht damit gerechnet, dass die Biker noch über ein Druckmittel verfügen.

Während in Ninjago Lloyd langsam seine Stimme wiederfindet, um den Widerstand anzuführen, müssen sich Kai, Zane, Cole und Jay im Reich der Oni und der Drachen gegen den fiesen Eisenbaron wehren. Der ist auf der Jagd nach der Mutter aller Drachen. Wird der Widerstand in Ninjago gelingen? Und werden die vier Ninja den Drachen helfen können?